Fatih Dersanesi´nde danışmanlık sistemi eğitim sisteminin ana temasını oluşturmaktadır. Bu sistemdeher öğrencimizin bir danışman öğretmeni vardır. Danışman öğretmenin; öğrencinin hem derslerine giren hem de öğrencinin kendisiyle özel olarak ilgilenen bir özelliği vardır. Aynı zamanda danışman öğretmen, öğrenci hakkında veli-öğrenci dinamiğini kullanarak daha verimli nasıl olunursorusuna da cevap bulabilmektedir.